A Universidade Católica de Pelotas (UCPel) tem sua estrutura de 52 mil metros quadrados dividida basicamente em quatro grandes centros.
No Centro de Ciências da Vida e da Saúde estão os cursos de Ciências Biológicas, Ecologia, Enfermagem, Farmácia, Fisioterapia, Medicina e Psicologia.
O Centro de Ciências Jurídicas, Econômicas e Sociais engloba as graduações de Administração, Ciências Contábeis, Economia, Direito, Serviço Social e Tecnologia em Gestão Hospitalar.
O Centro de Educação e Comunicação abrange os cursos de Comunicação Social - Jornalismo, Comunicação Social - Publicidade e Propaganda, Letras, Matemática, Pedagogia e os cursos superiores de Tecnologia em Design de Moda, Gestão de Turismo e Produção Fonográfica.
Já o Centro Politécnico reúne os cursos de Arquitetura e Urbanismo, Ciência da Computação, Engenharia Civil, Engenharia da Computação, Engenharia Elétrica, Engenharia Eletrônica, Química - com ênfase na área Ambiental, Tecnologia em Análise e Desenvolvimento de Sistemas e Tecnologia em Sistemas para Internet.
Também fazem parte da estrutura da Universidade os institutos superiores de Filosofia - com bacharelado e licenciatura em Filosofia -, Cultura Religiosa e de Teologia Paulo VI.
Na área de pós-graduação, a UCPel conta com especializações (lato sensu), mestrados e doutorados (stricto sensu) que traduzem qualificação justamente para os segmentos que mais geram demanda profissional em nossa região. Nessa linha, a Católica tem os programas de Mestrado e Doutorado em Saúde e Comportamento, Mestrado e Doutorado em Letras, Mestrado em Política Social e o recém-criado Mestrado Profissionalizante em Saúde da Mulher, Criança e Adolescente.
Localize-se

Principal espaço da Universidade Católica, o Campus I está situado na Rua Gonçalves Chaves, 373, no centro da cidade. Lá estão abrigados a Central de Atendimento, a Secretaria Geral, o Espaço de Alimentação, a Galeria de Arte, o Memorial Dom Antônio Zattera, a Biblioteca Central, a Farmácia Escola, a Rádio Universidade (RU) e o Escritório Modelo de Engenharia e Arquitetura. Nas dependências do Campus II estão o estúdio do canal universitário TV UCPel, laboratórios de rádio e fotografia, Clínica Psicológica, ateliê de Moda e estúdio de Produção Fonográfica. O Campus II fica na Rua Almirante Barroso, 1.202, também no centro de Pelotas. Localizado na Rua Padre Anchieta, 1.274, o Prédio Santa Margarida abriga a Sociedade Pelotense de Assistência e Cultura (SPAC) - mantenedora da Universidade -, a Seção de Recursos Humanos, a Assistência Judiciária, o Núcleo de Assessoramento Fiscal e um auditório.
Já o Campus da Saúde Dr. Franklin Olivé Leite abriga o Centro de Especialidades do Hospital Universitário São Francisco de Paula (HUSFP). O destaque fica para a piscina terapêutica do curso de Fisioterapia, que complementa o atendimento da sua Clínica, contribuindo para a saúde na região. O Campus fica localizado na Avenida Fernando Osório, 1.586, na zona norte da cidade.
A UCPel também possui uma unidade no município de Santa Vitória do Palmar. O grande laboratório

Considerado o maior laboratório de ensino da UCPel, o Hospital Universitário São Francisco de Paula (HUSFP) possui 253 leitos. São mais de 10,4 mil internações, 6,8 mil cirurgias e 55 mil atendimentos (entre ambulatoriais e de especialidades). Cerca de 85% de seus atendimentos são pelo SUS.
Referência na área materno-infantil, com destaque para a Clínica Pediátrica, UTI Neonatal e Unidade de Cuidados Intermediários Neonatal, o São Francisco ainda mantém a Casa da Gestante, criada especialmente para atender gestantes de alto risco do SUS.
Em sua estrutura, figuram também os atendimentos psicológicos, realizados no próprio Hospital, na Clínica de Psicologia, no Centro de Atenção Psicossocial (CAPS Escola) e nas unidades básicas de saúde dos bairros. Também está localizado no HUSFP o Laboratório Escola de Análises Clínicas (LEAC).
O HUSFP está localizado na Rua Marechal Deodoro, 1.123, centro de Pelotas.